En 1969, luego de una crisis política, el MIR decide reestructurarse de una forma más eficiente, dejar atrás las asambleas, que eran buenos mecanismos para la discusión pero ineficientes como forma de organización, reemplazándolas por los Grupos Políticos Militares orientados a la acción.
Lo nuevo de los GPMs es que el trabajo político y las tareas militares, de infraestructura e información se coordinan no a nivel regional o nacional, sino a un nivel mucho más bajo, a un nivel territorial que podía ser el espacio de una comuna o una agrupación de comunas. Esto se hace adaptando elementos desarrollados por una organización revolucionaria brasileña.
La dirección de un GPM era un órgano conocido como jefatura y estaba formada por un jefe, un subjefe (que normalmente asumía las tareas de organización y estructura interna), además de los jefes de las unidades políticas, operativas, de informaciones e infraestructura. Una estructura bastante grande que funcionaba bien bajo las condiciones del período pre-revolucionario, pero que después del golpe sufrió modificaciones.
La jefatura de un GPM, era un pequeño Estado Mayor, un órgano con capacidad de resolución en el ámbito político y militar. Esta estructura fue muy importante para las decisiones que debieron tomarse en cada territorio en el momento del golpe, cuando quedamos desconectados de las direcciones tanto regional como nacional.